Hersek Lagünü yaz aylarında üreme için gelen yaz göçmenleri için de uygun bir yaşam alanı sunmaktadır. Alanda özellikle denizle göl arasındaki kıyı şeridinde koloni halinde üreyen önemli kuş türleri bulunmaktadır. Bunlar Kara gagalı sumru, Sumru, Akdeniz martısı, Poyrazkuşu, Küçük Halkalı Cılıbıt ve Gümüş martıdır. Karagagalı sumru alanda üreyen en az 20 çiftlik popülasyonu ile Hersek Lagünü’ne önemli kuş alanı (ÖKA) özelliğini kazandırmaktadır. Bu tür ülkemizde Gediz Deltası’ndan sonra sadece Hersek Lagünü’nde üremektedir.
