Hersek Lagünü yaz aylarında üreme için gelen yaz göçmenleri için de uygun bir yaşam alanı sunmaktadır. Alanda özellikle denizle göl arasındaki kıyı şeridinde koloni halinde üreyen önemli kuş türleri bulunmaktadır. Bunlar Kara gagalı sumru, Sumru, Akdeniz martısı, Poyrazkuşu, Küçük Halkalı Cılıbıt ve Gümüş martıdır. Karagagalı sumru alanda üreyen en az 20 çiftlik popülasyonu ile Hersek Lagünü’ne önemli kuş alanı (ÖKA) özelliğini kazandırmaktadır. Bu tür ülkemizde Gediz Deltası’ndan sonra sadece Hersek Lagünü’nde üremektedir.
Alanda üreyen diğer bir tür de Uzunbacak’tır. Bu tür küçük bir alanda üreyen 25 çift ile lagüne önem katmaktadır.
Yaz döneminde Lagün çevresinde sulak alan kenarındaki maki ve karışık orman içerisinde birçok yerli ve göçmen kuş türü de üreme ve barınma olanağı bulmaktadır.
Hersek Lagünü kış mevsiminde barındırdığı Flamingo sayısı ile de Marmara bölgesinde önemli bir konuma sahiptir. Alanda 2013-2014 kışında 1000 bireyi aşkın Flamingo sayılmıştır.
Yine kış ve bahar aylarında gözlenen 6 birey Pufla ördeği ülkemiz için önemli sayıdır.
İncegagalı Martı da kış ve bahar aylarında alanı yüksek sayılarda kullanan bir martı türüdür.
Alanda yapılan kış ortası su kuşu sayımlarıyla (KOSKS) ve diğer gözlemlerle toplam 201 tür tespit edilmiştir. Bu sayı, alan olarak küçük olmasına rağmen Hersek Lagünü’nü Ülkemizdeki sulak alanlar arasında ön sıralara taşımaktadır.
